Het gehele westelijk deel van het eiland IJsselmonde waarop Pernis en Hoogvliet gelegen zijn, behoort in de middeleeuwen publiekrechtelijk onder de hoge heerlijkheid Putten. Het staat bekend onder de naam 'Putten over de Maze'. Gezien vanuit Putten ligt het aan de overzijde van de (Oude) Maas.
Hoogvliet heette tot in de zestiende eeuw Oudenvliet of Oedenvliet, een naam die ontleend schijnt te zijn aan Oda, de ca. 1295 geboren dochter van Nicolaas III van Putten. Van 1811 tot 1818 behoorde Hoogvliet tot de gemeente Poortugaal. Van 1818 tot 1934 was Hoogvliet weer zelfstandig. Van de verschillende ambachtsheerlijkheden op westelijk IJsselmonde is in de negentiende eeuw alleen Oud en Nieuw Engeland bij de gemeente Hoogvliet gekomen, de overige bij Pernis.
In 1934 werd de plaats geannexeerd door Rotterdam.