Als gevolg van de scheiding tussen polder en gemeente rond 1811 werden de bescheiden met betrekking tot de zorg voor de waterstaatswerken naar aanleiding van een besluit van het Departementaal Bestuur van Schelde en Maas d.d. 10 juni 1800 en van latere besluiten in het begin van de vorige eeuw en later op grond van het transmissiebeginsel bij het polderarchief gevoerd. De opsplitsing van het oude ambachtsarchief van Nieuwenhoorn heeft eertijds onvolledig plaatsgevonden. De volledige scheiding tussend e archieven van de gemeente en polder Nieuwenhoorn vond pas plaats op 29 oktober 1907. Op die dag ontvang de schout van de polder Nieuwenhoorn blijkens een op die datum opgemaakt proces-verbaal, dat hiernaast is afgebeeld, van de burgemeester van Nieuwenhoorn een aantal bestek- en schouwboeken", lopende vanaf 1669 tot 1836, stukken betreffende de bouw en het onderhoud van de watermolens en enige andere archiefstukken. * 
De bescheiden die in de loop der tijd uit het ambachtsarchief bij het polderarchief zijn gevoegd en daarin bij een voorlopige inventarisatie zijn aangetroffen, kunnen als volgt worden omschreven:

* Register houdende allerhande akten van openbare aanbesteding en openbare verkoop en processen-verbaal van gehouden schouw door schout en schepenen van Nieuwenhoorn, 15 oktober 1669 - 3 november 1675 en door schout en schepenen van Nieuwe Gote , 6 juni 1670 - 19 april 1682 alsmede door de gezamenlijke colleges, 27 april 1670 - 28 april 1675. 1 deel.

* Register houdende allerhande akten van openbare aanbesteding en processen-verbaal van de gehouden schouw, 14 februari 1676 - 27 maart 1725. 1 deel.

* Register houdende resoluties, allerhande akten van openbare aanbesteding en processen-verbaal van de gehouden schouw, 16 februari 1725 - 31 oktober 1739. 1 deel.

* Registers houdende allerhande akten van openbare aanbesteding en processen-verbaal van de gehouden schouw, 1738 - 1788. 2 delen.
* 25 maart 1738 - 22 november 1762;
* 14 april 1763 - 21 november 1788.

* Generale keur en ordonnantie van de ambachtsheerlijkheden Oostvoorne, Rugge, Groot en Klein Oosterland, Rockanje, St. Annapolder en het Schapengors, Nieuwenhoorn en Nieuwe Gote, opgemaakt door de ambachtsheer H.W. Baron van Leijden, 1775; met een gedrukt exemplaar, 1775. 2 delen.

* "Hevenboek", gaarderboek van Nieuwenhoorn, opgemaakt in 1635/1637 en herzien in 1642. 1 deel.

* "Veldboek", gaarderboek van de polder Nieuwenhoorn, opgemaakt in 1704 en bijgehouden tot 1817. 1 deel.

* Formulier voor de openbare aanbesteding van de inning van het ordinair geschot (het mei- en bamisschot), (ca. 1725). 1 stuk.

* Stukken betreffende de overdracht aan de penningmeester van de Generale Dijkage van het land van Voorne van het Generale Dijkage schot, 1779 - 1798. 1 omslag.

* Brief vand e commissie tot de zaken van de politie en justitie uit het Departementaal Bestuur van Holland, waarin inlichtingen worden gevraagd over de aard van de plaatselijke belastingen, 1806. 1 stuk.

* Stukken betreffende de jaarlijkse betaling van f. 75:--:-- aan de rentmeester- generaal der domeinen van het land van Voorne en later van Voorne en de Beierlanden, als jaarschot van Nieuwenhoorn, 1724 - 1798. 1 omslag.

* Akte van openbare verkoop van een partij iepebomen, 1810. 1 stuk.

* Rekeningen van ontvangst en uitgaaf wegens het mei- en bamisschot, 1700 - 1808. 4 omslagen
* 1700 - 1725;
N.B.: De rekeningen over 1700 en 1701 zijn tevens in afschrift aanwezig, terwijl de rekening over 1702 slechts gedeeltelijk aanwezig is.
* 1726 - 1755;
N.B.: De rekening over 1738 is slechts als borderel aanwezig.
* 1756 - 1790;
* 1719, 1792, 1794 - 1808.

* Bijlagen tot de rekeningen van ontvangst en uitgaaf wegens het mei- en bamisschot, 1724 - 1797. 4 omslagen.
*1724, 1734;
* 1778;
* 1781;
* 1797.

* Brief van de Drost van het Kwartier Rotterdam inzake de samenstelling en de goedkeuring van de jaarlijkse rekeningen en begrotingen van ontvangst en uitgaaf, 1808. 1 stuk.

* Brief van de commissaris tot het werk der verponding te Brielle, waarin om toezending wordt verzocht van een aantal polderekeningen, 1810. 1 stuk.

* Beschikkingen, waarbij een aantal personen toestemming wordt verleend tot het beschikken over de specie, afkomstig van de te delven dijk- en wegsloten, 1744. 2 stukken.

* Tekening behorende bij een brief van Job van Smeerdijk, waarin hij vergunning vraagt om een schuur te bouwen over de watering aan de Kouwenoord bij de Molenweg, (1752). 1 stuk.

* Aantekeningen van de gehouden schouw door schout en schepenen van Nieuwenhoorn, 1767 alsmede van de gehouden schouw door schouten en schepenen van Nieuwenhoorn en Nieuwe Gote, 1787. 2 stukken.

* Reglement op het beheer van de dijken, vastgesteld door Lodewijk Napoleon, 1810. 1 stuk.

* Akten van openbare aanbesteding en stukken betreffende de akten van openbare aanbesteding van het krozen en schoonmaken van de wateringen, 1778 - 1781. 1 omslag.

*Aantekeningen inzake het delven van de wateringen, 1782 - 1804. 1 omslag.

* Kwitanties van Joris Edmeston namens de Staten van Holland voor het aandeel van de polder Nieuwenhoorn in de kosten verbonden aan de gemeenschappelijke uitwatering door de Spuisluis te Hellevoetsluis, 1620, 1621, 1624. 1 omslag.

* Akte van overeenkomst, gesloten tussen de Gecommitteerde Raden van de Staten van Holland en de breedste geërfden van Nieuwenhoorn, Nieuw-Helvoet, het Weergors, de Quack en St. Annapolder inzake het maken van een spuisluis in de buitendijk van Nieuw-Helvoet, 1604, afschriften, 1622, (ca. 1730). 2 stukken.

* Rekest van de schouten, gerechten en gecommitteerde ingelanden van de polders Nieuwenhoorn, Nieuw-Helvoet, de Quack, St. Annapolder en het Schapengors en de Struijten aan baljuw en leenmannen van Voorne om ter waarborging van een goede uitwatering te bewerkstelligen dat het dok van Hellevoetsluis wordt uitgediept; met bijbehorende afschriften van de kwitanties als hiervoor beschreven, 1724. 1 omslag.

* Notulen van de vergaderingen van schouten en schepenen respectievelijk polderbesturen van Nieuwenhoorn en Nieuw-Helvoet inzake het beheer en onderhoud van de grote sluis onder de wallen van Hellevoetsluis, 15 januari 1732 - 21 februari 1817. 1 deel.

* Aantekeningen van de fabriek Cornelis Keijzer inzake de sluis van Nieuwenhoorn en Nieuw-Helvoet, 1745 - 1748. 1 omslag.

* Akte van openbare aanbesteding en stukken betreffende de akte van openbare aanbesteding door de schouten en schepenen van Nieuwenhoorn en Nieuw-Helvoet van het maken en leveren van 2 nieuwe puntdeuren met bijkomende werken voor de sluis onder de wallen van Hellevoetsluis, 1764. 1 omslag.

* Rekest en stukken betreffende het rekest van de minicipaliteit van Nieuwenhoorn, Nieuw-Helvoet, de Quack, St. Annapolder en het Schapengors, gericht aan het Provinciaal Comité van Holland, om in verband met de voorgenomen werken aan de Grote Sluis van het dok en de haven van Hellevoetsluis maatregelen te nemen dat de goede uitwatering van de polders gewaarborgd blijft, 1796. 1 omslag.

* Notulen van de vergaderingen van de besturen van Nieuwenhoorn, Nieuw-Helvoet, de Quack, Oude en Nieuwe Struijten, St. Annapolder en het Schapengors met betrekking tot de nieuwe gemeenschappelijke uitwatering door twee nieuwe sluizen ten oosten van de vesting te Hellevoetsluis, 4 april 1797 - 4 oktober 1813. 1 deel.
N.B.: Een gedeelte van deze notulen is in duplo aanwezig.

* Kohier van omslag en stukken betreffende het kohier van omslag wegens het aandeel in het bedrag van f. 15.000:--:-- ten behoeve van een betere uitwatering van de polders door de haven van Hellevoetsluis, 1799 - 1803. 1 omslag.

* Stukken betreffende de akte van overeenkomst gesloten tussen de ingelanden van de polders die door de haven van Hellevoetsluis uitwateren en het Rijk inzake deze gemeenschappelijke uitwatering, 1801 - 1809. 1 omslag.

* Rapport van de heer J. Sandifort inzake de te verrichten werkzaamheden aan de sluis in de watering bij Helelvoetsluis, 1767. 1 stuk.

* Aantekeningen inzake de openbare aanbesteding van het vernieuwen van het verlaat aan het eind van de polderboezem, dichtbij de vest van Hellevoetsluis, 1769. 2 stukken.

* Stukken betreffende het vernieuwen van de sluisdeuren met bijkomende werken, 1808. 1 omslag.

* Stukken betreffende de bouw van een stenen watermolen op de plaats waar de afgebrande molen heeft gestaan, 1718 - 1723. 1 omslag.

* Akten van openbare aanbesteding van het onderhoud van het timmerwerk van de watermolen alsmede het onderhoud van de heinen, heulen en bomen bij de molenkade en in de polder, 1719, 1729 - 1736, 1748 - 1777, 1802. 1 omslag.

* Stukken betreffende het jaarlijks onderhoud van de watermolen, 1725 - 1803. 1 omslag.

* Akte van openbare aanbesteding van het maken en leveren van een nieuwe stenen bak voor de watermolen, 1732. 1 stuk.

* Akte van openbare aanbesteding van het bewonen en bemalen van de watermolen, 1758, 1777; met een formulier voor deze aanbesteding, (ca. 1760). 1 omslag.

* Inventaris van losse goederen, die aanwezig zijn op de Nieuwenhoornse watermolen, 1785. 1 stuk.

* Akten van openbare aanbesteding van het effen en onderhouden van de wegen op de polderdijken. 1778, 1781. 2 stukken.

* Mandaat van schout en schepenen voor de ontvanger der zandvoetpaden ten behoeve van het onderhouden van het zandvoetpad vanaf de woning, vanouds bekend als de Princessestee tot aan de korenmolen, (ca. 1780). 1 stuk.

* Aantekening inzake de verbetering van de heulen bij Aart Arkenbout en Lavijnus, (ca. 1780). 2 stukken.

* Kwitanties van Jacob Cornelisse Kramer en Willem Pille voor het vangen van otters, 1778, 1781. 2 stukken.

Bij de beschrijving van de bestuursinrichting van de polder is vermeld dat voor 1811 geen apart polder- of gemeentebestuur aanwezig was.
Het verdient derhalve aanbeveling om de bescheiden van voor 1811, die in het polderarchief zijn aangetrofen, samen te voegen met de bescheiden van het ambacht Nieuwenhoorn van voor 1811, die zijn aangetroffen in het gemeentearchief van Nieuwenhoorn en als één afzonderlijk archief te beschouwen. Voor dit archief zal te zijner teijd een aparte inventaris verschijnen.

Over de zorg voor het archief gedurende het begin van de 19e eeuw zijn we tamelijk goed geïnformeerd dankzij enige posten in de rekeningen van de polder. * 
In de rekening over 1813 treffen we allereerst een post aan, die luidt als volgt:
Betaald aan Cornelis de Breur, timmerman in den Briel, voor het maken van eene kist ter bewaring der registers, protocollen dezer gemeente aan het locaal van de griffie der regtbank van eersten aanleg te Brielle de som van f. 9:17:2.

Een volgende post in deze rekening heeft ook betrekking op deze kist:

Betaald aan Johannes van Weijen wegens geleverd ijzerwerk aan eene kist ten dienste bovengenoemd f. 1:4:2.

Uit deze betalingen kunnen we afleiden dat het polderbestuur zich in die tijd reeds had ontfermd over het ambachtsarchief van Nieuwenhoorn of een deel daarvan en dat dit archief in Brielle werd bewaard.

Aangezien we in de rekening van de polder Nieuwe Gote soortgelijke posten tegenkomen, mogen we aannemen dat deze kist tevens in gebruik is geweest voor het archief van het ambacht Nieuwe Gote. Vermoedelijk heeft het archief maar korte tijd in Brielle berust, immers in de rekening over 1817 lezen we vervolgens:
Betaald aan Cornelis Spoon, timmerman, wegens 't overbrengen en repareeren van de polders secretarie kast enz. de somma van f. 34,58½ waarin de polder Nieuwenhoorn contribueerd 2/3 aandeelen, dus f. 23,06.

We moeten toegeven dat niet met zekerheid gesteld kan worden dat met het overbrengen een transport van Brielle naar Nieuwenhoorn bedoeld wordt en nog minder dat de polderkast identiek is met de kist uit 1813. De aanduidingen geven echter wel duidelijke aanwijzingen dat een deel van het archief (het oud archief) niet meer bij de secretaris werd bewaard. Bovendien kan uit de verhouding 2/3 / 1/3 gedeelte afgeleid worden dat de polderkast tevens dienst deed als bergplaats voor het archief vand e polder Nieuwe Gote.

Doordat het polderbestuur in 1834 de beschikking kreeg over een nieuwe vergaderkamer in het voormalige raadhuis van Nieuwenhoorn, mag worden aangenomen dat het oud archief van die polder vanaf die tijd werd bewaard in een kast, die in die vergaderkamer aanwezig was.
De overeenkomst, die met het gemeentebestuur van Nieuwenhoorn op 12 april 1852 werd gesloten, maakte ook melding van een vrij gebruik van de penantkasten, waarmee blijkens een bijbehorend besluit van de gemeenteraad de beide penantkasten in de raadkamer werden bedoeld. * 
De eerste inventaris van het polderarchief, die bewaard is gebleven, dateert van 24 juni 1879. Deze inventaris werd opgemaakt in verband met de overdracht van het archief aan de nieuw benoemde secretaris-penningmeester J.J. van der Linde.

Hoewel deze inventaris dus alleen die bescheiden omschrijft die aan de nieuwe secretaris werden overgedragen, geeft dit document toch een goed beeld van het (lopend) archief van de polder en een mogelijkheid om deze inventaris te vergelijken met hetgeen bij de huidige inventarisatie is terug gevonden. Uit deze vergelijking blijkt dat enige in de inventaris van 1879 genoemde bescheiden bij de bewerking van het polderarchief niet zijn aangetroffen, te weten:
1. Kaart van de polder Nieuwenhoorn, behorende bij het bijzonder reglement, 1861;
2. Lijsten van stemgerechtigde ingelanden, 1863 - 1879;
3. Pakket met bestekken, correspondentie en andere stukken met betrekking tot de bouw van de beide stoomgemalen in 1872.

De lijsten van stemgerechtigde ingelanden zijn mogelijk vernietigd op grond van de uit 1920 daterende lijst van voor vernietiging in aanmerking komende stukken in de archieven van waterschappen, veenschappen en veenpolders. Over de verdwijning van de reglementskaart van de polder Nieuwenhoorn is iets meer met zekerheid bekend. Omdat bij de brand in de Provinciale Griffie van 3 maart 1945 het aldaar berustende exemplaar van die kaart verloren was gegaan, heeft het polderbestuur op verzoek van de provincie bij schrijven van 11 mei 1945 het originele in het polderarchief berustende exemplaar van de bewuste kaart opgezonden met het doel om deze kaart te gebruiken voor de vervaardiging van een nieuwe grenskaart. * 
Bij de toezending van deze nieuwe uit 1953 daterende grenskaart is echter verzuimd de oude kaart te retourneren.
Het bestuur van het waterschap De Brielse Dijkring, rechtsopvolger van de polder Nieuwenhoorn, heeft in 1988 de provincie alsnog verzocht deze kaart terug te zenden in de veronderstelling dat de kaart nog bestond.
Nu, dit bleek het geval te zijn want bij schrijven van 16 juni 1988 werd deze kaart door het hoofd semi staties archief van de provincie onderhands toegezonden.

Bij de inventarisatie is tevens gebleken dat de tekeningen, het bouwkundig bestek, de rekening en het grootste deel van de briefwisseling spoorloos zijn verdwenen. Deze verdwijning moet na 1906 hebben plaatsgevonden, omdat in een uit die tijd daterende lijst nog van die bestekken melding wordt gemaakt. * 
Het polderbestuur heeft geen blijvend gebruik gemaakt van de penantkasten in de vergaderkamer. De pogingen van het gemeentebestuur van Nieuwenhoorn, in 1876 ondernomen ter verkrijging van een bergruimte voor het gemeentearchief en waarvan in de notulen van een op 26 mei 1876 gehouden vergadering melding wordt gemaakt, zal daarmee zeker in verband gebracht kunnen worden. In een brief van 4 juni 1920, gericht aan Gedeputeerde Staten, lezen we ook dat het gehele archief van de polder wordt bewaard in een kast ten huize van de secretaris ! * 
Het moet betwijfeld worden of met deze kast dezelfde kast wordt bedoeld, die in de hiervoor genoemde rekening over 1817 staat vermeld. Het polderbestuur heeft tijdens een op 2 juni 1927 gehouden vergadering wel besloten om een brandkast aan te kopen voor de waardevolle documenten en boeken. De secretaris wenste namelijk geen verantwoordelijkheid op zich te nemen indien die boeken en andere papieren eens verbranden en er een groote schade en last voor de polder zou ontstaan. * 
In 1948 heeft de heer D. van Baalen in opdracht van de Provinciale inspectie der gemeente- en waterschapsarchieven een inventaris opgemaakt van het oud archief van de polder Nieuwenhoorn, van voor 1875. * 

Deze inventaris telt 430 nummers. Dit grote aantal nummers voor een betrekkelijk klein deel van het archief houdt verband met het feit dat de heer Van Baalen onder andere elk kohier, elke begroting en elke rekening een apart nummer heeft gegeven. Bovendien zijn alle bescheiden met een stempel voorzien, waarin het inventarisnummer met inkt is aangebracht.
Door deze wijze van bestempelen kon geen onduidelijkheid ontstaan over de bestemming van de betreffende archiefstukken en werd het gevaar dat afzonderlijke archiefbescheiden een eigen leven dreigden te gaan leiden, ingedamd. De gebruiker van de definitieve inventaris, zoals deze nu is vastgesteld, moet derhalve rekening houden met de omstandigheid dat de door de heer Van Baalen aangebrachte inventarisnummers niet meer overeenkomen met de nummers van de definitieve inventaris.
Het door de heer D. van Baalen geïnventariseerde deel van het archief van de polder werd na 1948 niet naar Nieuwenhoorn teruggebracht maar in bewaring gegeven bij het Algemeen Rijksarchief te 's-Gravenhage tegen een vergoeding van f. 12,-- per jaar.
In 1968 werd dit archief echter overgebracht naar Brielle en in bewaring gegeven bij het waterschap De Brielse Dijkring, dat in die tijd de beschikking had gekregen over een goede archiefbewaarplaats in het kantoor aan de Nobelstraat.
Het overige deel van het polderarchief vanaf rond 1875 dat nog bij de secretaris berustte, werd ondergebracht in het gemeentehuis van Nieuwenhoorn in een speciale daarvoor in 1955 aangekochte en hiernaast afgebeelde stalen kast. * 
Dit archiefgedeelte, dat zuiver chronologisch was geordend, werd na de opheffing van de polder overgebracht naar de archiefbewaarplaats van het waterschap De Brielse Dijkring, gevoegd bij het aldaar reeds aanwezig deel van het polderarchief en vervolgens in 1978 door de schrijver dezes beschreven in een voorlopige inventaris.

Bij de inventarisatie van het archief is gebleken dat de secretaris van de polder Nieuwenhoorn in de periode dat hij tevens de functie van secretaris van de polder Nieuwe Gote vervulde, niet altijd een duidelijke scheiding heeft gemaakt tussen de beide polderadministraties.
Deze situatie is vergelijkbaar met de administraties van de polders Nieuw-Helvoet met de Quack en Oostvoorne met Rugge, met dit verschil dat de polder Nieuwenhoorn tot aan de polderconcentratie zelfstandig is gebleven.
In het archief van de polder treffen we derhalve enkele registers aan, die tevens werden gebruikt voor de polder Nieuwe Gote. Bovendien vinden we in de registers van uitgaande stukken en publikaties van de polder Nieuwe Gote gedurende de periode 1876 tot 1911 gezamenlijke publikaties van de polders Nieuwenhoorn en Nieuwe Gote.
Omdat zowel uit de beschrijving van de betreffende registers en andere bescheiden als door het plaatsen van verwijzingen op de administratieve vermenging van de beide polders is gewezen, mag zelfs van argeloze onderzoekers worden verwacht dat zij zich niet zullen vergissen.
Het archief van de polder Nieuwenhoorn bevindt zich in een goede materiële toestand, zodat restauratie van bescheiden niet noodzakelijk bleek. Bovendien is het archief redelijk compleet bewaard gebleven. Niettemin bevat het polderarchief diverse leemten, waarvan hiervoor reeds enkele zijn genoemd. In het algemeen kunnen we stellen dat een groot deel van de zogenaamde ingekomen stukken, daterend van voor omstreeks 1940, zoek is geraakt. Tot deze ingekomen stukken behoren onder andere de meeste besluiten van de ambachtsheer tot benoeming van bestuursleden en de verzoekschriften van de ingelanden voor de begrinding van de polderwegen.

Bovendien zijn onder andere vrijwel alle processen-verbaal van de gehouden verkiezing daterend van voor 1960 ( ! ), de stukken betreffende de bouw van de vergaderkamer en de stukken betreffende het onderhoud van de watermolens verloren gegaan of op een andere wijze aan het oog onttrokken. Het is tot nog toe niet mogelijk gebleken om veel ontbrekende bescheiden van het polderarchief op te sporen. Bij de ontruiming van het voormalige gemeentehuis van Nieuwenhoorn kwamen wel enige oude stembiljetten en de maalstaten van het gemaal Oost over de periode 1934 - 1941 te voorschijn.
Deze bescheiden, die door ijverig speurwerk van de heren H. van Kralingen en J.J. Walters van de Stichting Oudheidkamer Hellevoetsluis waren ontdekt, werden op 13 oktober 1987 in ontvangst genomen en bij het polderarchief gevoegd. Op 23 februari 1989 werd door de heer A. Mol te Vierpolders een borderel op de rekening wegens het mei- en bamisschot alsmede de binnenlandse omslag over 1848 overgedragen, terwijl tenslotte op 30 maart 1989 door de familie Van Dintel te Oudenhoorn een aanslagbiljet voor de invordering van de polderlasten uit 1905 werd geschonken.
Door het gereedkomen van de definitieve inventaris kan de hiervoor genoemde voorlopige inventaris uit 1978 vervallen.

"Bij gelegenheid van een inspectiebezoek op 28 november 1967 hebt u het voornemen te kennen gegeven het archief van de polder Nieuwenhoorn van na 1919 te ordenen en te beschrijven, met belofte een afschrift van de inventaris te zullen zenden.
Ik veroorloof mij u die belofte in herinnering te brengen. Ondervindt u bij dit werk moeilijkheden, dan verneem ik dat gaarne, dan kom ik op een nader af te spreken dag over om u te helpen.

Het hoofd van het bureau van de
inspectie der archieven in Zuid-Holland,

J.H. Streefland. "

Gedeelte van een brief uit 1969, gericht aan de secretaris, inzake de beschrijving van het polderarchief van na 1919 (inv. no. 60).

De stukken zijn geschonken aan het Streekarchief Voorne-Putten en Rozenburg door mevrouw A. Brobbel-Eland, weduwe van Pieter Brobbel. In 2017 is het archief overgedragen aan het Stadsarchief Rotterdam. De toen aangetroffen aanvulling is in 2018 door Harold Stuger beschreven.