De bescheiden van het Hoogheemraadschap van Putten over de zorg voor het archief hebben voor het grootste deel betrekking op het archief van de rechtsvoorganger van het Hoogheemraadschap, de Ring van Putten. Dit geldt zeker voor de inventaris uit 1897, opgemaakt door J. H. Hingman. We beschikken slechts over een door de secretaris van de gemeente Geervliet, N. J. de Regt, in 1957 opgemaakt afschrift. In 1960 heeft de secretaris van het waterschap De Brielse Dijkring een inventaris opgemaakt, die voornamelijk betrekking heeft op het archief van het Hoogheemraadschap van Putten over de periode 1869 – 1954. * 
De lotgevallen van het archief van het Hoogheemraadschap van Putten zijn nauw verbonden met die van de Ring van Putten. Beide archieven werden vanouds bewaard in het stadhuis van Geervliet. De gedurende de periode 1886 – 1894 uitgevoerde werkzaamheden aan de archiefkasten van Putten hebben vooral de zorg voor het archief van de Ring van Putten tot doel. De belangrijkste maatregel voor de zorg van het archief van het Hoogheemraadschap van Putten vormt in feite de aanschaf van een ladenkast in 1950 en de daarmee verband houdende aansluiting bij de afdeling registratuur van de Unie van Waterschapsbonden een jaar later. * 

Na de opheffing van het Hoogheemraadschap van Putten in 1954 begon een voor het archief wel zeer bijzondere periode. Een vrijwel onmogelijke situatie die direct verband hield met de omstandigheid dat de taken werden overgenomen door meerdere instanties. De dijkzorg ging over op het waterschap De Brielse Dijkring, terwijl de zorg voor de waterbeheersing (Vierambachtenboezem) overging naar het nieuw opgerichte waterschap De Vier-Ambachtenboezem. Teneinde het bestuur van dit waterschap in staat te stellen deze taak uit te oefenen werd een bepaling in het reglement opgenomen luidende: * 

“Het archief betreffende het beheer van de Vier-Ambachtenboezem van het Hoogheemraadschap van Putten gaat over op het waterschap.”

De archieven van het Hoogheemraadschap van Putten, bestaande uit het archief van de Ring van Putten en het archief van het Hoogheemraadschap van Putten, werden vanouds bewaard in twee archiefkasten in de raadzaal van de gemeente Geervliet. Het bestuur van het waterschap De Vier-Ambachtenboezem beschouwde deze kasten als eigendom van het waterschap. Tijdens de op 8 juli 1954 gehouden laatste vergadering van de Verenigde Vergadering van het Hoogheemraadschap van Putten werd ook zonder hoofdelijk stemmen besloten de archiefkasten op de raadzaal te laten staan. * 

Het bestuur van het waterschap De Brielse Dijkring meende echter later aanspraak op deze kasten te moeten maken. Bij besluit van 5 juli 1960 werden de eigendomsrechten op deze kasten bevestigd. * 

De archieven van het Hoogheemraadschap van Putten wegens het algemeen beheer zouden dus volgens de overgangsbepalingen in tegenstelling tot die wegens het bijzonder beheer (de zorg voor de Vierambachtenboezen) overgaan naar het waterschap De Brielse Dijkring. In 1954 werden inderdaad enige bescheiden, direct noodzakelijk voor de uitvoering van de taak door het genoemde waterschap, naar Brielle overgebracht. Een jaar later trachtte het bestuur van het waterschap De Brielse Dijkring de gehele resterende archieven met betrekking tot het algemeen beheer van het Hoogheemraadschap van Putten naar Brielle over te brengen. Al spoedig kwam men tot de conclusie dat een scheiding van de archieven van het Hoogheemraadschap van Putten in een deel met betrekking tot het algemeen beheer en een deel aangaande het bijzonder beheer niet uitvoerbaar was. Weliswaar werden beide beheren door aparte financiële administraties gescheiden, maar andere archiefstukken, bijvoorbeeld notulen of brievenboeken hadden zowel betrekking op het algemeen beheer als het bijzonder beheer.

Het mag dan ook op zijn minst als merkwaardig worden aangeduid dat in het reglement voor het waterschap De Vier-Ambachtenboezen een bepaling is opgenomen, waarvan bij voorbaat de onuitvoerbaarheid bekend mocht zijn. De Algemene Rijksarchivaris, die in die tijd optrad als waarnemend Inspecteur der gemeente- en waterschapsarchieven in Zuid-Holland, werd om advies gevraagd. Hij sprak, zoals verwacht mocht worden, zijn verbazing en afkeuring uit over de voorgenomen splitsing van de betreffende archieven; de archieven dienden volgens hem onverdeeld op het raadhuis van Geervliet te blijven berusten. De heren bestuursleden kwamen gelukkig spoedig tot overeenstemming zodat een splitsing achterwege bleef. * 
Deze overeenkomst resulteerde in een overeenkomst van inbewaargeving, gesloten op 29 oktober 1958, tussen dijkgraaf en hoogheemraden van het voormalige Hoogheemraadschap van Putten (!) en het gemeentebestuur van Geervliet. Voor de betreffende archieven was een jaar tevoren nog een apart archiefrek aangeschaft, waarvan de kosten door het waterschap De Vier-Ambachtenboezen en het waterschap De Brielse Dijkring gelijkelijk werden betaald. De archieven van het Hoogheemraadschap van Putten berustten vanaf die tijd derhalve voor een deel in de beide kasten op de raadzaal van Geervliet en voor een ander deel in het genoemde archiefrek op de archiefkamer van Geervliet. De overeenkomst, die op 29 oktober 1958 werd gesloten, was slechts van korte duur. De Provinciaal Inspecteur der gemeente- en waterschapsarchieven, de heer J. L. van der Gouw, greep de voorgenomen restauratie van het raadhuis van Geervliet aan om een definitieve bestemming te geven aan de archieven van het Hoogheemraadschap van Putten. Bij schrijven van 6 maart 1959 gaf hij in overweging de archieven in zijn geheel over te brengen naar de archiefbewaarplaats van het waterschap De Brielse Dijkring.

Het bestuur van het waterschap De Vier-Ambachtenboezem voelde er niet veel voor om alles naar Brielle over te brengen en zocht terstond naar een mogelijkheid om ruimte te huren in het gemeentehuis van Spijkenisse! Het gemeentebestuur had echter geen ruimte beschikbaar. Op aandringen van de Provinciaal Inspecteur ging het bestuur van het waterschap tenslotte toch akkoord met een overbrenging naar Brielle, maar wel met de beperking dat zodra de restauratie van het raadhuis van Geervliet voltooid zou zijn, het archief weer naar Geervliet teruggebracht moest worden. De beide archiefkasten zouden ook na de restauratie van het gebouw weer in de raadzaal worden geplaatst. * 
De Provinciaal Inspecteur was niet zo blij met een eventuele latere overbrenging naar Geervliet. Hij wenste een definitieve regeling voor de betreffende archieven, waarbij een veilige bewaring en de mogelijkheid van goede raadpleging centraal stonden. Deze doelstellingen konden in de gegeven omstandigheden alleen worden bereikt door dwingende voorschriften in de vorm van een reglementswijziging. In het gewijzigde reglement van 1960 lezen we dan ook de volgende bepaling: * 

Op 28 april 1960 werden de archieven van het Hoogheemraadschap van Putten, voor zover aanwezig in het raadhuis van Geervliet, overgebracht naar de archiefbewaarplaats van het waterschap De Brielse Dijkring te Brielle. Met deze overdracht kwam een einde aan de bemoeiingen van het waterschap De Vier-Ambachtenboezem met dit archief en ook met de twee archiefkasten. * 

Het archief van het Hoogheemraadschap van Putten werd voor een deel chronologisch bewaard. Niettemin werden reeds vroeg rubrieken gevormd, waardoor zowel chronologische als rubriekgewijze ordening plaatsvond. De na 1951 gevormde archieven werden volgens het decimale registratuurstelsel, geordend.
In 1977 verscheen een (nieuwe) inventaris van het archief van het Hoogheemraadschap van Voorne. Deze werd vervaardigd door Helga S. Danner onder de bezielende leiding van J. L. van der Gouw, provinciaal inspecteur der archieven in Zuid-Holland. Het archief van het Hoogheemraadschap van Putten wordt daarin beschreven onder nr. 334 – 553 (220 nummers). De werkzaamheden volgde op de inventarisatie van de archieven van het Hoogheemraadschap van Voorne. In kwaliteit zijn beide inventarissen niet te vergelijken. Werd bij in de 1975 uitgevoerde werkzaamheden het grootste deel nog onder de “ingekomen stukken” geplaatst, aan de inventarisatie van de archieven van het Hoogheemraadschap van Putten is duidelijk meer zorg besteed. In de inleiding van de inventaris lezen we het volgende: “Daar er van een bepaald stelsel geen sprake was, hebben wij de losse stukken zoveel mogelijk zaaksgewijs gecombineerd en de reeds zaaksgewijs geordende stukken aangevuld, het geheel in rubrieken ondergebracht.”
Niettemin blijft evenals bij de inventarisatie de uitgevoerde vernietigingen van met name de bijlagen tot de rekeningen desastreus De selectie van de voor vernietiging in aanmerking komende bijlagen heeft ondeskundig plaatsgevonden, hoewel de feitelijke handeling (de vernietiging) wel vakkundig is geschied. Talrijke details zijn daardoor onherstelbaar verloren gegaan. Zeker, er zijn enkele bijlagen gespaard gebleven, maar die hebben voornamelijk betrekking op werkzaamheden aan het gemaal (inv. nr. 431 en 434 – 435).

De huidige inventarisatie kent een zaaksgewijze ordening met het oogmerk het raadplegen te vereenvoudigen. De hiervoor genoemde wel bewaard gebleven bijlagen zijn tevens verwerkt en toegevoegd tot de zaak waarop zij betrekking hebben. Bij deze inventarisatie zijn ook de na 1977 verkregen aanwinsten opgenomen, te weten: 7)

(1977)
Tekeningen behorende bij het ontwateringplan, 1946.
Register houdende allerhande gegevens over de exploitatie van het gemaal, 1948 – 1954.

(1980)
Lijsten van stemgerechtigde ingelanden, vergaderstukken en enige financiële bescheiden.

(1988)
Keuren met bijbehorende wijzigingen, 1910 – 1943.

Het archief van het Hoogheemraadschap van Putten bevat geen zeer opvallende leemten. Zelfs enige tekeningen van de bouw van het stoomgemaal zijn bewaard gebleven. Dit wil niet zeggen dat er geen stukken ontbreken. Bescheiden over de vaststelling en wijziging van de keur, het grootste deel van de correspondentie bij de bouw van het stoomgemaal, personeelsbescheiden, het gaarderboek van de Vierambachten, deel I, de overeenkomst met de familie Repelaer over het delven van de boezem uit 1913 zijn daarvan enige voorbeelden.

Het archief berustte in het Streekarchief Voorne-Putten en Rozenburg onder toegangsnummer 065 en is in 2017 overgedragen aan het Stadsarchief Rotterdam.