Het westelijk deel van het eiland IJsselmonde waarop Pernis en Hoogvliet liggen, behoort in de middeleeuwen publiekrechtelijk onder de hoge heerlijkheid Putten. Het staat bekend onder de naam 'Putten over de Maze'. Gezien vanuit Putten ligt het immers aan de overzijde van de (Oude) Maas.
Putten over de Maze bestaat geheel uit polders waarvan een gedeelte meerdere malen op het water gewonnen moest worden. In 1316 geven de heer en vrouw van Putten een 'nieuweland' tussen Katendrecht en Pernis aan de Riederwaard ter bedijking uit, de Heyffele of Deyffelpolder. Lombardijen moet rond 1300 bedijkt zijn. Het kerngebied van Pernis, de polders Oud en Nieuw Pernis, bestaan op dat moment al. Langebakkersoord of Hieronimuspolder en Deyffelsbroek, ook wel Pernisser Landeke genaamd, zijn vermoedelijk in de zestiende eeuw bedijkt.
Toen de Staten van Holland er tussen 1721 en 1742 uit geldgebrek toe overgingen verschillende heerlijkheden te verkopen, kwamen Pernis, Hoogvliet en Poortugaal in 1731 aan Schiedam. Sinds 1735 kocht deze stad bij gedeelten Langebakkersoord en in 1739 Oud en Nieuw Engeland. Het was logisch dat Schiedam en niet Rotterdam deze heerlijkheden opkocht; niet alleen om geografische redenen, ook om economische was dit gebied altijd al meer op Schiedam georiënteerd.
In 1802 heeft Pernis de overheid gevraagd om Roozand, Smalland, Langebakkersoord, Deyffelsbroek en 's-Gravenambacht met dit dorp te combineren, gezien het zeer geringe aantal inwoners. 's-Gravenambacht is pas in 1811 verenigd met Pernis, terwijl de andere gehuchten in 1804 inderdaad met Pernis werden verenigd. 's Gravenambacht werd in 1817 weer zelfstandig maar in 1833 definitief verenigd met Pernis.
Bij wet van 30 december 1933 zijn de gemeenten Pernis en Hoogvliet, samen met gedeelten van Rhoon en Poortugaal, bij Rotterdam gevoegd. De samenvoeging werd geëffectueerd op 1 mei 1934. Pernis telde op dat moment 2539 inwoners, Hoogvliet 682.
