Het ambacht is al in de middeleeuwen ontstaan. De oudste vermelding dateert uit 1303. Graaf Jan van Henegouwen verleende toen de graaf van Berkel en Rodenrijs het privilege om in bepaalde gevallen zelf recht te spreken.
Het bestuur van het ambacht bestond uit de schout, ambachtsbewaarders, gezworenen en secretaris. Zij waren verantwoordelijk voor tal van taken die ook nu nog deel uitmaken van de taakuitvoering van de gemeente, zoals openbare orde en veiligheid, bouw van openbare gebouwen, armenzorg en onderwijs.
Net als in Bergschenhoek en Bleiswijk werd er in Berkel en Rodenrijs turf gestoken en ontstonden ook hier uitgestrekte plassen. In de achttiende eeuw besloot men de vruchtbare gronden onder het water droog te maken om daar akkerbouw te kunnen bedrijven. Grote droogmakerijen als de Noord-, West- en Zuidpolders ontstonden in 1776. De stad Rotterdam, die de heerlijkheid over Bleiswijk en Bergschenhoek bezat, dwong Berkel en Rodenrijs er toe mee te betalen aan de droogmakerijen in de andere dorpen.
Tijdens de revolutie van 1795 werd het gemeentebestuur door patriotten aan de kant gezet en overgenomen. In 1855 breidde Berkel en Rodenrijs uit en werd De Tempel toegevoegd aan de gemeente. Sinds de Tweede Wereldoorlog is het inwoneraantal meer dan verdrievoudigd. In 2006 telde het dorp 19.000 inwoners. Het jaar daarop ging Berkel en Rodenrijs met Bergschenhoek en Bleiswijk op in de gemeente Lansingerland.