Om het samenleven in het Heilige Geesthuis in goede banen te leiden, golden er voor de dertien mannen diverse gedragsregels. Overtredingen werden bestraft met geldboetes, opsluiting of uitzetting.

Toelatingseisen

De mannen die in het Heilige Geesthuis werden opgenomen moesten redelijk gezond zijn en goed gedrag vertonen. Na de Reformatie moesten zij ook lidmaat van de Gereformeerde Kerk zijn. Drinkers en vechtjassen werden uiteraard geweigerd. Werd een bewoner na toelating ziek, hulpbehoevend of dement dan werd hij overgeplaatst naar het Gasthuis of een krankzinnigengesticht. Vanaf de zeventiende eeuw werden hoofdzakelijk geschoolde arbeiders opgenomen: kleermakers, timmerlieden, lijndraaiers, schippers, lakenwevers, schoenmakers.

Sommige mannen werkten een deel van de dag om wat bij te verdienen. Verder gebeurde er niet veel. In de twintigste eeuw brachten de bewoners de tijd door met kaarten, biljarten, de krant lezen en wat praten in de kleine conversatiezaal. Het televisietoestel dat op sinterklaasavond in 1956 cadeau werd gedaan, werd vanwege de hardhorendheid van sommige bewoners niet door iedereen op prijs gesteld.

Huisregels

Wilden de dertien mannen in harmonie met elkaar samenwonen, dan moesten er duidelijke regels zijn. Door de eeuwen heen golden dezelfde huisregels: de mannen moesten zich kalm en vriendelijk gedragen, respect tonen aan het bestuur en de huismeesters, en hun taken in huis vervullen. Een eigen huissleutel hadden ze niet. De mannen hielden zich niet altijd aan de regels. De meest voorkomende overtredingen waren dronkenschap met of zonder geweldpleging, te laat komen, rondlopen in vuile kleding, onzedigheid, weerbarstigheid zoals het weigeren uit bed te komen of naar de kerk te gaan, en ruzie maken. Diefstal kwam nauwelijks voor met uitzondering tijdens de Tweede Wereldoorlog. Soms werd kleding, zoals overjassen, verpand of verkocht en het geld werd gebruikt voor een rokertje of een hartversterkertje. Alcohol was niet verboden, dronkenschap wel. Als men er slordig bijliep, dan moest men zich verantwoorden op de regentenvergadering.

Overtredingen

Lichte overtredingen werden afgedaan met een berisping. Zwaardere overtredingen werden gestraft met bijvoorbeeld opsluiting in de waterhuisjes aan de Kipsloot. De periode van opsluiting varieerde van een tot zes weken. De opgeslotene kreeg alleen brood, kaas en drinken. In 1670 besloten de regenten deze zware straf af te schaffen. De straf die ervoor in de plaats kwam, was echter minstens zo erg. De mannen werden voor zes weken uit huis gezet en moesten dan maar zien waar ze verbleven en hoe ze aan de kost kwamen. In 1719 werd deze straf vervangen door kamerarrest. Ze mochten dan alleen in huis en in de tuin rondwandelen. Na de Tweede Wereldoorlog werd in plaats van deze straf het zakgeld ingehouden. De aller zwaarste maatregel was definitieve uitzetting. Dit kwam incidenteel voor als men herhaaldelijk werd gestraft en geen verbetering toonde.