De relatie tussen het Heilige Geesthuis en het bestuur van de stad Rotterdam is niet altijd goed geweest. In de negentiende eeuw kwam het zelfs tot een gerechtelijke procedure tussen de instelling en de gemeente.
Geschiedenis
Conflict met de gemeente
In 1806 werd het Heilige Geesthuis door het stadsbestuur gedwongen het pand aan de Hoogstraat te verlaten en te verhuizen naar het Proveniershuis aan de Schiekade. De gemeente dacht dat de instelling een gemeentelijke stichting was en het Heilige Geesthuis zelf kende zijn eigen ontstaansgeschiedenis niet meer.
Toen de regenten weigerden te vertrekken, werden ze door het stadsbestuur ontslagen. Vrij snel na hun vertrek ondernamen de regenten pogingen hun eigendom weer terug te krijgen. Vele juristen en advocaten bogen zich over de kwestie en de zaak sleepte zich bijna een eeuw voort zonder tot een oplossing te komen. In 1895 kwam het zelfs tot twee gerechtelijke procedures.
Dankzij het uitgebreide archiefonderzoek van de Rotterdamse advocaat Samuel Muller Hz. (1852-1915), die een voorliefde had voor historisch onderzoek, werd het geschil ten gunste van het Heilige Geesthuis beslecht. Hij kon aantonen dat het huis was gesticht door een particulier en nooit door de lokale overheid was bestuurd en evenmin een gemeentelijke instelling was geweest. De gemeente moest toen het pand teruggeven. Daarop verkocht het Heilige Geesthuis het pand aan de gemeente. Van het geld kocht het een stuk grond aan de Gerard Scholtenstraat waar een nieuw onderkomen werd gevestigd: de vierde en laatste locatie.
Sluiting en voortbestaan
Vanwege veranderende wensen en eisen op het gebied van ouderenzorg, sloot het Het Heilige Geesthuis in 1972 definitief haar deuren. Daarmee kwam er na ruim 500 jaar een einde aan de fysieke instelling. Wel bleef het Heilige Geesthuis als fonds bestaan.
Na de Tweede Wereldoorlog kwamen er nieuwe soorten behuizing voor ouderen in zwang, zoals het bejaardentehuis waar meer ouderen gevestigd konden worden en waar ze veel meer privacy hadden dan in oude instellingen als het Heilige Geest-Huis. Vanaf de jaren '50 werd ook de regelgeving omtrent voorzieningen voor ouderen aangescherpt. Vergunningen werden allen verleend aan instellingen die konden voldoen aan strenge eisen op het gebied van wonen, hygiëne, zorg en brandveiligheid. Ook mochten ouderen zich niet meer vervelen maar ze moesten vermaakt worden door middel van dagbesteding.
Het Heilige Geesthuis kon niet mee in deze ontwikkeling. De brandveiligheid van het gebouw aan de Gerard Scholtenstraat liet te wensen over, er was geen privacy, onvoldoende toiletten, geen warm stromend water om van comfort en animatieprogramma's maar te zwijgen. De oude mannen hadden niet zoveel behoefte aan recreatie maar wel aan privacy en persoonlijke vrijheid. De meest fundamentele kritiek van overheidswege was dat de bewoners niet beschikten over eigen wooneenheden en dat directie noch leiding in bezit was van een diploma ziekenverpleging.
Eind jaren zestig viel de beslissing het huis te sluiten. De overgebleven mannen en de binnenmoeder en –vader, het echtpaar Ruighaver dat inmiddels gepensioneerd was, kregen onderdak in verzorgingstehuis Gerard Goosenhuis in Ommoord. Het personeel kwam er in de huishouding. De oude mannen gingen er op vooruit. Ze kregen allemaal een eigen zit/slaapkamertje met aanrechtje en toilet. Het bestuur bleef contact houden met de oud-bewoners totdat de laatste overleed in de jaren tachtig.
Na de sluiting van het pand ging de complete regentenkamer en een deel van de gebruiksgoederen naar Museum Rotterdam. Datgene wat niet naar het museum ging, belandde, met uitzondering van een theeservies, koelkast en fornuis, bij de Roteb. Het pand werd aan de gemeente Rotterdam verkocht. Momenteel is er Stichting Dona Daria Kenniscentrum Emancipatie in gevestigd. De buitenkant is vrijwel onveranderd gebleven. De zolder verkeert nog in originele staat en het Delfts blauwe regententoilet prijkt achter een glazen deur.