De archieven van Hoogvliet en Pernis zijn onmiddellijk na de incorporatie overgebracht naar de Rotterdamse archiefbewaarplaats. Een gedeelte echter dat voor de lopende dienst onmisbaar werd geacht is achtergebleven op de in de voormalige raadhuizen ingerichte hulpsecretarieën *  , een ander gedeelte is spoedig na aankomst op het gemeentearchief overgebracht naar het raadhuis. Vanuit de hulpsecretarie Pernis zijn de achtergebleven archivalia van Hoogvliet en Pernis in 1963 overgebracht naar de gemeentelijke archiefbewaarplaats; in 1971 is dat-met uitzondering van de jongste registers van de burgerlijke stand-gebeurd met het gedeelte dat naar het raadhuis was gebracht.

Herinventarisatie is om verschillende redenen noodzakelijk gebleken. Een daarvan is dat sinds Hazewinkels arbeid heel wat archivalia vernietigbaar zijn geworden, vooral financiële stukken. Volgens het de laatste jaren in Rotterdam gegroeide gebruik zijn de bijlagen bij de gemeenterekening echter eens in de tien jaar compleet bewaard, en wel die van de nuljaren (1870, 1880 etc.). Ook volledig bewaard zijn de bijlagen van de laatste jaren van de zelfstandigheid. Helaas zijn de bouwvergunningen en -tekeningen in de meidagen van 1940 verbrand. Het is niet bekend wanneer het bevolkingsregister van Pernis van vóór 1890 verloren is gegaan. Trouwens, Pernis heeft nogal moeite gehad met de goede bewaring van zijn archief. Vermeldt het jaarverslag van 1858 nog dat het gemeentearchief in goede staat is, in 1876 lezen we: 'de staat van het archief is redelijk goed; doordat er nogal stukken ontbreken is de omvang beperkt'. Van de ingekomen stukken is de oorspronkelijke ordeningsmethode gehandhaafd, hoewel die niet ideaal was; de toegankelijkheid is echter gezien de betrekkelijk geringe omvang redelijk goed.

De verschillende rijksarchivalia betreffende Hoogvliet en Pernis, die aan Rotterdam in bruikleen zijn gegeven, zijn in deze inventaris opgenomen. Aparte vermelding verdient nog het archiefje van 'de Rederij' of 'de Haven van Pernis', een vereniging die eigenares was van de haven. Drie leden van het bestuur waren belanghebbenden, de overige gemeentelijke functionarissen. De gemeente heeft deze haven in 1895 overgenomen.